眾所周知，經過歷朝歷代數不清的醫者們的辛勤付出，傳統中醫積累了不少的診療經驗和方法，湯藥、針刺、艾灸、拔罐、外敷、藥浴、熏蒸等等，治療的途徑可不光有這些，所謂心病還須心藥醫，金元時期的醫家張從正在《儒門事親》當中還記載了不少情志類的處理方法，例如非藥所及的七情治病療法，諸如此類，層出不窮，這些都是歷代醫林先賢們流傳下來的寶貝，而為了應對各種各樣的疾病和病人，醫者們也是絞盡腦汁，想出了無數能夠應病人們喜愛的治病方式。過去和現在一樣，人們一旦提到中醫中藥，心頭便莫名涌上一個念頭——中藥好苦，因而，不少人會因此而拒絕口服湯藥，雖然事情并不完全是這樣，但醫者也不好多說什么，所以，為了照顧很多患者的心情，醫者們根據自己的生活及診療經驗，想出了造“點心”的方法，讓病人吃下“實為中藥”，而“形非中藥”的點心（也可以說是“真藥假餅”），以圖安慰病人拒絕口服苦藥的心理，病人吃了剛剛好，讓病人順利治好疾病，可謂是用心良苦。這種方式也較為常見，我們來看看中醫泰斗張錫純的做法吧。張錫純是我國近代頗負盛名的醫家，于我們現時代的人來說，他的時代其實離我們很近，像他學習中醫入門之道，再好不過了！同時，他也是一位非常了不起的中醫大家，在中西醫匯通的這條路上，他是開創者之一，也是實實在在的踐行者。張氏的治療方法，也是多種多樣，不拘泥于一方一法，反倒是靈機活法，頗受患者喜歡，最直接的原因無非是患者自覺病除體愈。在張錫純所創的一百多個驗方當中，其中有幾個方子是以點心的模式出現的，并且這幾道方子頗受人們的喜愛。要知道，中醫出手造點心，那就不是裹腹那么簡單，這其中必然摻雜著祛病的法子在里面。那么，張錫純創的幾道點心都是什么，它們又有什么用處呢？其中一道是益脾原方——“益脾餅”，另外一道是適合老人氣虛痰多、痰氣郁結所致的諸多疾病的方子——“期頤餅”。今天，咱們就來談談第一張方子——益脾餅。效如其名，這到方子所治療的疾病正是同脾有關。都說現代人的脾胃變得金貴嬌氣了，明明生活質量提高了，但由于脾胃不好，想吃點好東西都不行，動不動就腹瀉，看著好吃的卻不能多吃，好生活也不能多享受。脾，喜燥惡濕；胃，喜濕惡燥。濕又常常是導致人身機體陰陽平衡失調的一種致病因素，而脾胃濕寒，不光飲食能力下降，還有長期泄瀉的情況，拉出來的大便常常濕冷或帶有未消化的食物。對于這樣的情況，張錫純處理的方法也有多種，但對于婉拒湯藥的人來說，張氏就會選用這道點心——“益脾餅”來為患者調治，效果屢試皆驗。益脾餅原方：“白術四兩、干姜二兩、雞內金二兩、熟棗肉半斤。”
今天，我將為大家解讀一篇3.96分的SCI，借此來學習GEO數據庫甲基化芯片發SCI的套路，文章的題目是：Aberrantly/ methylated-diferentially expressed genes and/ / pathways in/ colorectal cancer。首先簡單介紹一下，GEO數據庫/(GENE EXPRESSION OMNIBUS/)是NCBI旗下主打基因表達芯片的數據庫，它的網址是http:////www.ncbi.nlm.nih.gov//geo，或者直接通過PUBMED的菜單欄進入。小碩在此申明，GEO數據庫的芯片數據是不花錢的！而且數據海量，更新較快！小伙伴們迫不及待了吧,Let′s go!/ 1、摘要/ 全文思路明確，從GEO數據庫中下載4張芯片，其中2張基因表達芯片/(GSE68468, GSE44076/)和2張甲基化的芯片/(GSE29490, GSE17648/)，是不是感覺芯片在手，天下我有？接著利用GEO2R工具找出甲基化的差異基因/(methylated-DEGs/)，DAVID網站做功能和富集分析，STRING網站做蛋白互作網絡圖/(PPI/)，利用Cytoscape軟件的MCODEapp構建PPI聚類功能模塊。最終，找出了異常甲基化的差異表達基因和通路，這些Hub基因可能作為異常甲基化的生物標志物，以此服務于結腸癌的精準治療。/ 2、芯片數據下載及預處理/ / “Totally 186 CRC and 55normal mucosa specimens were enrolled in GSE68468 /(platform: GPL96 AfymetrixHuman Genome U133A Array/) while 98 CRC and 50 normal mucosa specimens wereenrolled in GSE44076 /(platform: GPL13667 Afym/[1/]etrix Human Genome U219 Array/).”這句來源于原文中，咋一看，不了解GEO的小伙伴可能有點懵，一會GSE,一會GPL?請看下面表格內容。總結一下，GEO數據庫的表達譜信息主要儲存在DataSets和Profiles中，而數據下載說到底就是要得到表達矩陣，即“基因在行，樣本在列”的矩陣。在下圖的GEO DataSets輸入研究的癌癥，然后就可以選擇自己需要的芯片，里面關于芯片的信息非常詳細，下載原始文件，整理后即可得到需要的表達矩陣。哈哈，還是挺容易實現的。/ 3、數據處理/ 利用GEO數據庫自帶的GEO2R工具將樣本分為正常組和病例組，設定cut-off值/(P/ /</ 0.05and |t|/ />/ 2/),尋找出差異表達基因/(DEGs/)和差異甲基化基因/(DMGs/)。再利用EXCEL中的MATCH函數進行匹配，去除重疊的基因，同時獲得甲基化芯片和表達譜芯片的交集，最終得到低甲基化-高表達基因411個，高甲基化-低表達基因239個，利用R軟件代碼實現韋恩圖制作，文中的韋恩圖確實不錯哈。選取典型的芯片的TOP100基因/(包括50高表達和50低表達基因/)做差異基因的熱圖，可通過R代碼實現熱圖的制作。微信公眾號回復“熱圖”，可獲得R軟件熱圖制作代碼。/ 4、GO功能富集分析/ / DAVID網站/(網址https:////david.ncifcrf.gov///)實現GO功能富集分析，這個還是比較簡單的，直接上圖了。分別從生物學過程/(BP/)，細胞組成/(CC/)，分子功能/(MF/)對低甲基化-高表達基因、高甲基化-低表達基因功能注釋，選取排名前5的富集分析制成下表。/ 5、KEGG通路分析/ 同樣，利用DAVID網站進行KEGG通路分析，分別預測了低甲基化-高表達基因、高甲基化-低表達基因富集的通路。6、PPI網絡構建、模塊分析和Hub基因選擇蛋白互作網絡圖/(PPI/)通過STRING網站來制作/(網址https:////string-db.org///)，PPI聚類功能模塊則用Cytoscape軟件的MCODEapp制作。其中PPI網絡圖，以Interactionscore＞0.4作為cut-off值；利用Cytoscape軟件，篩選出MCODE評分＞3、節點數＞4的PPI網絡中的模塊制作聚類模塊分析圖。篩選出節點degree大于10的即為Hub基因。最終分別篩選出低甲基化-高表達基因排名前五的Hub基因：CAD,CCND1, ATM, RB1 and MET；高甲基化-低表達基因排名前五的Hub基因：EGFR,ACTA1, SST, ESR1 and DNM2。/ 7、Hub基因在TCGA數據庫中驗證/ 分別將低甲基化-高表達的Hub基因和高甲基化-低表達的Hub基因在TCGA中觀察Hub基因的甲基化狀態和表達差異，最終結果如下表，大部分Hub基因在TCGA中和GEO數據庫中的甲基化狀態和表達差異是一致的，這對作者的GEO數據庫分析加強了說服力。綜上，可以看出本文甲基化數據挖掘步驟：/(1/)GEO芯片下載和預處理：GEO數據庫直接下載原始數據；R軟件的GEOquery包/(上bioconductor官網搜索/)。預處理一般就是將原始文件整理成我們需要的表達矩陣。/(2/)差異基因和甲基化基因的篩選：本文采用的是GEO在線工具GEO2R分組后設定cut-off值P/ /</ 0.05and |t|/ />/ 2，分別可以篩選出高、低表達基因，高、低甲基化基因，利用EXCEL中的MATCH函數去除重疊的基因，同時對低甲基化高表達的基因求交集，對高甲基化低表達基因求交集。制作韋恩圖，選取典型芯片做熱圖。當然，這一步也可以用R軟件跑，最終結果是一致的。/(3/)GO和KEGG分析：DAVID網站直接實現。/(4/)PPI網絡構建、模塊分析和Hub基因選擇：STRING網站做蛋白互作網絡圖，利用Cytoscape軟件的MCOD app構建PPI聚類功能模塊。通過cut-off值設定，節點degree大于10的即為Hub基因。/(5/)TCGA數據庫驗證：利用TCGA數據庫分析Hub基因的甲基化狀態和表達差異，看是否與GEO數據庫一致，以增強說服力。做到這里，已經3.96分了，小碩設想，如果繼續把Hub基因進行共表達或預后分析，是不是影響因子又得上漲呢！當然，前面這些步驟都不用花經費！假如你的老板經費充足，繼續來個小樣本的實驗驗證吧，估計小伙伴們手已癢癢，趕緊準備發文吧！我們明天將手把手教你R語言實操分析GEO數據庫甲基化芯片。/ / 關注微信公眾號“百味科研芝士”，一個分享干貨的地方/
WED989VI458EMLOEF44EF8EF
經濟學人新竹哪裡訂2020年家庭育兒雜誌訂購優惠國際書展休閒時尚雜誌訂購優惠科普雜誌哪裡訂便宜
國際書展富比士雜誌優惠訂閱價格 2020年讀者文摘台北哪裡訂 天下雜誌台北哪裡訂? 社會人文雜誌怎麼訂閱最便宜 2020年Fortune新客戶訂購價 天下雜誌訂閱:Time選百大影響力 Rain46萬票稱冠 科普雜誌新客戶訂購價 國際書展台時亞洲台南哪裡訂 天下雜誌，訂閱送大容量隨身碟？金正男死後，其他家人剉咧等？ 國際書展時代雜誌新客戶訂購價 2020年遠見雜誌台北哪裡訂 亞洲週刊，訂閱36期，再送隨身碟、數位版？
留言列表
